Løn- og ansættelsesvilkår for chefer på FGU-institutioner er reguleret af en chefaftale, der er indgået mellem Djøf, Lærernes Centralorganisation og Moderniseringsstyrelsen.
Chefaftalen fastsætter, at Djøf har forhandlingsretten for FGU-institutionernes øverste chefer og for de chefer, som er blevet virksomhedsoverdraget til FGU-institutionerne, og som er medlemmer af Djøf på overdragelsestidspunktet.